о-есть по идее интересна структура это, начиная с index.php который перенаправляет нас на класс роутера и т.д.
То что вы хотите узнать выходить за границы ответственности MVC. MVC говорит нам о том, что в приложении следует выделять модель, представление и контроллер. О роутинге он ничего не знает.
файл с автолоудом прописывается и один ли он для всех или должен иметь логику
2017 год на дворе. Какой файл с автолоудом? Composer имеется, к счастью. Он производит автозагрузку классов самостоятельно.
Мне кажется просто, если я возьму тот же фреймворк и буду его сидеть и разбирать с его тысячными файлами, я погрязну
Берите не весь фреймворк, а его компоненты и изучайте по отдельности. Так, например, пройдитесь по компонентам symfony.
В каком framework самая хорошая и правильная структура ООП
Symfony позволяет писать наиболее правильный код.