Отправка сообщения - msg вася_пупкин ты уху ел? (net send для старых версий ОС)
Искать кол-во запущенных экземпляров приложения (я так понимаю что нужно именно оно, а не кол-во RDP сеансов, которые легко ограничить в настройках) через tasklist с фильтрами на имя приложения и конкретного юзера. Получение списка пользователей - можно брать из заранее заданного файла, можно получать динамически (зависит от того используете домен AD или нет).