1. Насколько юридически "неподкомпаемо" со стороны заказчика будет продажа исполнителем проекта третьим лицам?
Если исходники у него, то это вам ещё надо будет доказать, что вы не верблюд, вернее, что вы - именно тот верблюд, который всё это разработал. На программном коде отпечатки пальцев не остаются.
2. Из вопроса №1 вытекает вопрос - получит ли право заказчик требовать с исполнителя возврат выплат?
Он разве что-то платил исполнителю? Разве имеются какие-либо документальные свидетельства каких-либо вылат? Если вы расписывались в тетрадочке, тогда это уже свидетельство. В этом случае, можно предположить, что договор был заключён в устной форме (законодательство такое предусматривает), а дальше - уж куда кривая российского правосудия выведет. С большой вероятностью можно предположить, что если исполнитель расписывался в получении денежных средств, деньги придётся возвращать, либо как-то доказывать а) наличие договора (пусть и устного), и б) наличие факта выполненных работ.
3. Ну и, собственно, имеет ли какие либо права на это ПО заказчик?
Он вполне может заявить, что это он является автором ПО, а вы всё украли. У нас презумпция невиновности, так что это вам надо будет доказывать то, что заказчик там себе что-то присвоил.