Нужно перенести часть данных (несколько таблиц в базе) из MariaDB в Percona.
ИМХО, идея неправильная. Или же я упустил серьезную причину по которой может понадобиться переносить
часть базы на другой сервер на другой движок.
Сделайте PoC на перконе, и если понравится, переносите все.
гипотеза, что можно подключиться к бинлогам,
Направление верное. Стандартная практика для миграции на новый сервер это репликация, а репликация в mysql основана на бинлогах. Так что читать про репликацию (mysql replication).
возможность вернуться обратно на MariaDB
Очень трудно реализовать, т.к. требуется master-master replication.