На Атом ставить KDE не рекомендую, плазма сожрёт весь атом с потрохами, на сторонние приложения ресурсов не останется. Гном более терпимо, но в вашем случае XFCE будет оптимальным решением(адекватный это же панель задач, трей, десктоп и меню запуска?). Компиз лепить тоже не стоит.
Наиболее беспроблемным будет Xubuntu, если будет тормозить, то можно попробуйте CrunchBang с XFCE, он тоже на Debian, но более заточен на быстродействие. Если уже и CrunchBang будет тормозить, компильте Gentoo с OpenBox под вашу архитектуру.