Резервные копии сохраняются либо в облако, либо в папку /bitrix/backup/.
Список резервных копий доступен из админки.
Варианты, из-за чего растет объем занимаемого места:
1) включено автоматическое резервное копирование, при этом устаревшие бекапы не удаляются
2) неправильно спроектирован сайт, и растет объем закешированных данных.
3) на сайте очень много картинок, и растет объем изображений, которые формируются при ресайзе исходных картинок
4) ошибки в настройке прав доступа, и битриксу не хватает прав для автоматического удаления устаревшего кеша.
Чтобы понять, какая именно папка занимает большой объем, подключитесь по ssh к серверу и воспользуйтесь утилитой du, которая покажет, что и сколько занимает. Я обычно смотрю объем занимаемого места командой
du -h --max-depth=1