Если template.php это шаблон компонента, то создайте в этой же папке рядом с template.php файл script.js, а в него закиньте скрипт. Он автоматически подгрузится при подключении компонента.
Тут можно почитать про шаблоны компонентов.
Если же вы под template.php имеете ввиду шаблон сайта: header.php или footer.php, то можно использовать
$APPLICATION->AddHeadString('
<script>
//some script
</script>
');