Slava Rozhnev

SELECT COUNT ( DISTINCT CaseID )
  FROM Instance
  WHERE NOT [CaseID] IN ( SELECT [CaseID] FROM Instance WHERE [Level] > 1 )

1)

expects parameter 1 to be mysqli_result, bool given

ожидаем результат запроса, но получаем булеан. Почему? 99% кривой запрос, но этого мы не узнаем, так как кода нету. Для нормального отображения ошибок запросов, нужно добавить после соединения

mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);

2)

Здесь уже проблема с хедером

Да нет, с хедером все ок. Проблема что тут его уже нельзя отправить, так как вы что-то вывели в браузер (скорее всего как раз ошибку из п.1). Что легко гуглится (Результатов: примерно 6 170 000).

Запись пакетом быстрее и менее нагрузочна, но выше вероятность потери при сбоях.

PS. 40 записей в секунду - это в общем-то ни о чём..

echo __DIR__ . PHP_EOL;
// /home/user/scripts
echo dirname(__DIR__) . PHP_EOL;
// /home/user

Очевидное - самое простое.
А очевидное решение, создать таблицу черновиков (или как лучше придумаете ей название), куда будут попадать все новые или изменённые записи в ожидание модерации. Как они пройдут модерацию, они добавляются или изменяются существующие записи.
Можно ещё дальше пойти и развить её так же для истории, то есть все записи в таблице черновик остаются, но привязываются к нужной записи и человек может посмотреть историю всех изменений.

Функция file вернет массив строк, но вероятно в конце каждой будет перенос строки. И тут варианта два:
1. В одном из файлов нет переноса строки после последней строки
2. Типы переноса строки в конце последней строки - разные (windows/unix)
Проверьте эти гипотезы.

Начиная с PHP v.7.0 можно использовать Null Coalescing operator ??

$field1 = 'Habr';
$field2 = 'QnA';
$array = [
  'id' => $data->xxx->yyy->id ?? null,
  'name' => $data->{'name'} ?? 'untitled',
  'site' => $data->$field1->$field2 ?? 'поиск';
];

если запрошенного поля нет, ошибку не бросает, а берет значение по умолчанию, которое после ??

Фокус:

echo $this->pagesCount . ' * ' . $params['page'];
    if ($this->pagesCount < $params['page'])
    {
       echo 'inside if: ' . $this->pagesCount . ' * ' . $params['page'];
       ...
    }
echo 'after if: ' . $this->pagesCount . ' * ' . $params['page'];

Как мне получить 12 строчек,

применить в запросе клаузу limit

по убывающей значения numberofVisits

применить в запросе клаузу order by с опцией desc по данному полу выборки.

SQLite

Для того чтоб не грамоздить код if/elseif

Для этого существует архитектура.
Код нужно писать не как попало, а хотябы немного думать и использовать доступные возможности языка.

Тоесть в зависимости от ситуации и вводимых данных пользователем использовать разный сценарий

Звучит как "стратегия"

а использовать базу для веток.

Ну в теории ты конечно же можешь запихнуть код в БД и вызывать его потом через eval, да только это твою проблему не решит, а добавит ещё больше новых

SELECT * FROM `SID_workCourier` sw 
  LEFT JOIN `SID_user` su on su.userID=sw.user_id 
  WHERE work_done = 0
  ORDER BY CASE 
             WHEN priority = "Супер срочно (все бросить и бежать)"  THEN 0
             WHEN priority = "Быстро (сегодня)"  THEN 1
             WHEN priority = "Не срочно (можно на днях)"  THEN 2
             ELSE 3
           END, `data_add`