Во первых нужно нормально писать запрос, хотя бы для понимания что вы делаете:
SELECT DISTINCT tt.term_id
FROM wp_term_relationships AS tr
JOIN wp_term_taxonomy AS tt
ON tr.term_taxonomy_id = tt.term_taxonomy_id
JOIN wp_terms AS t
ON tt.term_id = t.term_id
WHERE tr.object_id IN (
SELECT p.ID
FROM wp_posts AS p
JOIN wp_term_relationships AS tr
ON p.ID = tr.object_id
JOIN wp_term_taxonomy AS tt
ON tr.term_taxonomy_id = tt.term_taxonomy_id
JOIN wp_terms AS t
ON tt.term_id = t.term_id
WHERE p.post_type = 'product'
AND p.post_status = 'publish'
AND tt.taxonomy = 'product_cat'
AND t.term_id = '2961'
)
AND tt.taxonomy LIKE 'pa_%';
Во вторых, как уже написали, это старая "проблема", пхпмайадмин выдает результат "порциями" и большинство малоопытных разработчиков не обращают внимание на отображаемый в результатах запрос, где этот лимит отображен.
Ну и в третьих, запросы без лимита почти всегда будут медленными, так как бд вынуждена перебирать все таблицы перебором. Если же такой запрос необходим по каким то причинам, то стоит посмотреть что же происходит с запросом. Нужно в первую очередь сделать отдельно вложенный запрос, проверить как он работает, оптимизировать, а затем то же самое сделать с внешним. Так же неплохо прогнать эти запросы через explain, посмотреть каких индексов не хватает. Ну и первое на что стоит обратить внимание это tt.taxonomy LIKE 'pa_%', что само по себе затратно, и требует обязательного индекса.
