res2001

Два момента:
1. Скобки являются спец.символами в cmd, поэтому их надо экранировать:

SET PROGRAM_PATH=D:\Program Files ^(x86^)\Notepad++\notepad++.exe

У меня стоит x64 версия notepad++ поэтому скобки я у себя не проверял.
2. Когда вы запускаете стороннее приложение из командного файла так как вы это делаете, то cmd ждет завершения этого приложения и только потом продолжает выполнение скрипта дальше.
Что бы убрать это ожидание запускать нужно с помощью команды start следующим образом:
start "" "!PROGRAM_PATH!" %%m
Первые кавычки - это заголовок нового окна, в данном случае не принципиально, т.к. notepad++ установит свой заголовок.

В целом ваш скрипт у меня заработал, после того как я поправил путь к notepad++ и добавил start.

Облако это совсем не удаленный доступ. Вам все таки нужен просто удаленный доступ.
RDP для винды самый лучший вариант.
1.Звук нормально пробрасывается и работает, смотрите в опциях подключения.
С видео, 3D, играми - гораздо сложнее и простого решения тут нет. Нет его не только в RDP.
На серверной версии есть RemotFX, он вроде как должен ускорять это. В деле не пробовал, т.к. без надобности.
2.В серверной версии винды есть веб интерфейс.
3. Вы имеете ввиду Remote Desktop Gateway? Это серверный продукт. Думаю, что его нельзя поднять на десктопе.
4, 5. Закрываются использованием ВПН или, возможно, хватит ssh.
6. В десктопной винде это действие не предусмотрено лицензией, т.к. она однопользовательская.
Если лицензионность вас не волнует, то можно воспользоваться rdpwrap. Хотя автор пишет, что на этот вопрос нет окончательного ответа.
7. Тут я не понял :-) вы хотите, чтоб RDP сервер сам от вас устанавливал соединение к себе же? Так не бывает.
В этом плане вы можете сделать только какое-то оповещение, что сервер снова в инете. Любым подручным средством - пинговать гугл, если удачно - отправляете сообщение на почту, смс, и т.п. Тут скорее всего придется что-нибудь костылить. Но возможно есть и какой-то сторонний софт.

rdpwrapper, но это нарушает лицензию.

Как минимум run-time для вашей версии студии: https://www.microsoft.com/ru-RU/download/details.a...
Если используете сторонние библиотеки то и их то же.

CryptoPro CSP сам по себе это просто криптопровайдер. Он дает возможность другим средствам использовать ГОСТовую криптографию.
Для веба нужно еще установить cryptopro browser plug-in, вроде он бесплатный.
Если нужно шифровать файлы в командной строке, то нужно использовать соответствующую утилиту (cryptcp) - для винды предоставляется за отдельные деньги.
Для использования пользователями можно юзать КриптоАРМ - графический интерфейс для крипто операций стороннего производителя.
Или можете использовать CryptoPro CSP в своем приложении - можно использовать CryptoAPI для работы с CryptoPro CSP.

OpenVPN, IPSec, что-то другое на выбор, хватает платных вариантов.
IPSec - часть стека пртоколов IP и работает на уровне ядра, скорее всего будет быстрее конкурентов. Есть в любой современной ОС. Довольно сложен в настройке. Обычно используют в связке с чем-то.
OpenVPN - работает на пользовательском уровне. Не сложен в настройке, полно разнообразных мануалов. Лучше использовать OpenVPN на UDP, а не TCP, хоть и поддерживаются оба варианта.