Верно. Сделайте образ флешки и дальше уже работайте с ним.
Под Linux можете использовать команду:
sudo dd if=/dev/sdc of=image.iso
где, /dev/sdc — это флешка, а image.iso — образ с которого потом будете восстанавливать информацию.
Под Windows, если не ошибаюсь, образ можно сделать через UltraISO или ImageUSB.
Потом через R-Studio всё восстанавливайте. Только вот боюсь мало что получится так как небезопасное извлечение, скорей всего, означает, что файлы не успели полностью дописаться на флешку, а значит восстанавливать просто нечего.
Удачи.