rsync
Умеет все что вы запросили, бакап - пофайловая копия (т.е. бакапы доступны как файлы без дополнительных телодвижений), умеет инкрементальное копирование через создание симлинков
spoilerдля обычного сетевого диска я не проверял, должно работать, я делал в сетевое блочное устройство, например iscsi или диск .vdhx по smb, внимание, уязвимо к ошибкам и вирусам на машине но это на порядок быстрее для большого количества мелких файлов
Можно копировать как сразу по сети с удаленной машины так и запускать по ssh (сервер штатно ставится в windows), инициируя бакап с центральной машины.
Для резервного копирования загрузочного диска (что бы можно было без проблем его восстановить) - liveusb/netboot linux + partclone (быстрее dd даже с тормозными hdd), если нужно рулить этим вручную, то на их основе есть готовый clonezilla
p.s. еще есть syncthing, прекрасная утилита с web gui, умеет синхронизировать указанные каталоги с указанными машинами где угодно, с поддержкой инкрементального бакапа (ограниченно). Многим этот функционал кажется удобнее и народ тупо отказывается от всяких гуглдиск/onedrive/...
