1. ll это и есть алиас, просто не везде он прописан. Докачать команды - это установить соответствующие пакеты.
2. Линуксы регистрозависимы, и с этим ничего не поделать. В данном конкретном примере можно, наверное, поколдовать над bash completion, но пользы из этого не будет, т.к. система регистрозависима на уровне файловой системы. Documents и documents будут двумя разными папками в любом случае.
3. Дофига их. Есть ещё zsh для любителей удобств и красивостей.
Про pycharm ничего не скажу, не знаю. М.б. он берет шелл из профиля пользователя.