Если просто выделить префаб и в инспекторе изменить значения у корневого элеметра, то всё сохраниться само.
Если открывать префаб, то там есть или автосейв (он включен по-умолчанию, так что странно если вы его отключили, но не знаете как сохранять) или кнопка сохранить.