Так нельзя
local a = t[1][1]
local b = t[1][1][1]
a = b
Потому что
a - это просто переменная. Вы ей присваиваете новое значение, пусть даже ссылку, но это никак не затрагивает другие переменные с другими именами.
Но можно сделать, например, так:
local a = t[1]
local b = t[1][1][1]
a[1] = b
Потому что здесь мы уже не трогаем переменную
a, а работаем с тем, на что она указывает, т.е.
t[1], т.е. это аналог
t[1][1] = b
Отвечая на вопрос, вам нужно не только знать вложенную таблицу на определенном уровне, но и таблицу на 1 уровень выше (т.е. предка).