Для SEO разницы нет, вы можете убедиться в этом прочитав
рекомендации Google по мультиязычности. В Яндексе таже ситуация, будет это отдельный домен, поддомен или папка - не важно.
На своем мультирегиональном сайте, работающем по всему миру на 15 языках я сделал разделение языковых версий по папкам, так как этот вариант был самый удобный. Разные домены реально пригодны исключительно для брендированного бизнеса, если у вас информационный сайт, то это совсем лишнее.
Не забудьте правильно реализовать указание языковых версий с помощью hreflang
Что касается реализации, то здесь зависит от многих факторов, но вообще лучше не плодить базы данных, а разделять классификаторы.
По реализации в magento 2 читайте эту статью на хабре
Как бороться с многоязычностью в Magento 2