Как запретить запуск .exe для системы?
Система не запускает программы, их запускают пользователи.
А для пользователя запрет настраивается элементарно -
gpedit.msc ->
Конфигурация компьютера -> Конфигурация Windows -> Параметры безопасности -> Политики ограниченного использования программ
Это нормальная практика настройки на рабочих местах.
После грамотной настройки у пользователя запускаются только те программы которые уже установил администратор.
Больше пользователь сделать ничего не может - ни установить программу, ни запустить исполняемый файл.