Я бы предложил сразу практику:
Поставить гипервизор, развернуть и настроить виртуальные Linux-машины с классическими корпоративными сервисами: почта, АТС, мессенеджер, веб-сервер, файловое хранилище с авторизацией.
Настроить везде бэкапы, самописными скриптами выгружать дампы БД, делать архивы конфигураций и контента.
После нормального конфигурирования остаётся траблшутинг, но он возможен только при какой-то пользовательской нагрузке.
А прохождение теоретического курса можно отложить или идти параллельно.

Windows 10 очень любит кушать жёсткий диск для фоновых процессов типа svchost.exe, обновления, телеметрия и т.д. А диск у Вас медленный, 5400 оборотов в минуту. Нужно либо отключать всё фоновое по максимуму, либо возвращать ОС на SSD. И и это, IMHO, самое разумное решение, так как с Виндой на медленном диске софт на быстром работать будет всё равно не очень быстро.

1) Большинство (если не все) лицензионных соглашений запрещают не только установку, но и использование контрафактного программного обеспечения. Т.е. использовать ПО, узнав о его пиратском происхождении, уже нельзя. Таким образом ссылаться на то, что ПО было установлено другим специалистом, практически бесполезно.
2) Маленькие компании считают, что они никому из проверяющих не нужны, большие - что у них "всё схвачено и все подмазаны". Чушь. Знаю о небольшом предприятии (порядка 200 сотрудников) пищевой промышленности в маленьком городе (50-70 тысяч населения), которое тряхнули за пиратский софт. Почему их, не знаю; рядом десятки таких же предприятий с тем же уровнем лицензионного порядка. На крупном предприятии в случае проблем как раз виновный будет один сисадмин, так как у руководства "всё на мази", а сисадмин - паршивая овца на абсолютно законном предприятии.
3) Любое письменное обращение к руководству с требованием/прошением/предупреждением о нелегальном программном обеспечении подтвердит информированность специалиста о наличии пиратского ПО и его понимание незаконности действий.

IMHO, если увольняться не вариант, то как минимум не устанавливать ничего лично; информацию донести до руководства, но в недокументированной форме, чтобы потом ещё больше не встрять.
Маловероятно, но гипотетически, если в должностной инструкции указано, что специалист устанавливает программное обеспечение, предоставляемое работодателем, работодатель становится заинтересованным лицом.

Александр Рублев,
2 нормальных сервера с гипервизорами. Критические сервисы реплицировать между серверами и бэкапить, некритические - только бэкапить. Бэкапы на какой-нибудь NAS (D-Link, Synology, самосборный и т.д., на что денег хватит). В идеале - на два хранилища.
Если сервер будет один, то будет негде запустить ни реплику, ни бэкап.
Многие сервисы можно совмещать на одной виртуальной машине, но это уже по ситуации смотреть: разворачивать на одной машине СУБД для какой-нибудь системы, почтовый сервер и файлопомойку я бы не стал.