Если конкретно, то однажды скачать этот ваш opensource, запустил под sudo, а он устанавливается в корень + мусорит файлами в системных папках.
Другой случай. Поставил веб-сервер, а он всю систему в интернет показывает (ну когда вводишь путь вместо адреса страницы). Должны были пофиксить этот баг, но кто его знает.
Поставил как-то себе новую стильную молодежную штуку (кажется, это был эластик). Пока рут не дал, не хотел работать никак.
Однажды сделал все четко и ровно для отдельного ограниченного пользователя. Но когда потребовалось добавить модуль в сервис, который потребовал рут, пришлось все с нуля перенастраивать.
Про хакеров смысла писать не имеет - им рут не столь важен. Про безопасность тоже смысла писать нет, потому что существует очень очень много дыр и без рута.