brar

Вас взломали и у вас нет квалификации в расследовании взлома?
Делаем образ выключенной системы снаружи и бекапим его себе (зачем? Возможно найдете того кто сможет расследовать)
Берем список софта и убираем из него все, что не требуется для работы сервиса
- пхпмайадмин, фтп, как раз примеры такого софта

Сносим ОС (считайте что скомпроментирован рут и все тулзы ОС)
И ставим по хорошему мануалу с изрядной долей паранои (чаще всего одна статья не поможет - делайте свои заметки при установке)
Максимально изолируем все от всего
Наружу смотрит только вебсервер
ссш по портпиннингу (оно делается в полпинка, как на стороне клиента так и на стороне сервера)
Ваши цмс и скрипты должны обновляться регулярно
Следите за логами - часто взлом происходит в течении нескольких дней и простой греп по логам покажет, кого вам нужно забанить по ип и где поставить капчу

То что у вас есть бекапы делает вашу ситуацию в разы лучше

1. команда пробел &
   
   • команда уходит в бэкграунд, но те консольные команды которые ожидают ввода могут там сразу в остановленном состоянии висеть.
     
   • команды, которые пишут в стандартный вывод, могут мусорить в текущую консоль если появляются ошибки во время выполнения
     
   • fg позволяет вытащить последнюю посланную в бэкграунд команду снова в текущую консоль (фореграунд)
     
   
   
2. как здесь уже упоминали: nohup команда пробел &
   
   • амперсанд отправляет процесс в бэкграунд, консоль свободна
     
   • весь вывод команды направлен в файл nohup.out в текущей директории консоли
     
   
   
3. тоже упомянули: screen команда
   
   • вернуться в текущую консоль Ctrl-a-d
     
   • вызвать запущенный скрин screen -r
     
   
   

- Способ 1 хорош для графических програм,
- способ 2 для обрабатывающих скриптов с долгим временем работы, но если скрипт надо убить придется использовать команду kill <номер процесса>
- способ 3 позволяет удобно переключаться между несколькиму запущенными в бэкграунде командами, типа
screen -r <номер скрина>

А вообще удобно пользоваться чем нибудь типа Tilix - все на виду и под рукой.

Используйте https://xdebug.org/
и что-то, что умеет дебагать удаленно https://xdebug.org/docs/remote

Настраиваете слушать локальный порт сервера, через SSH пробрасываете порт на свой локальный комп, свою IDE настраиваете цепляться к локальному порту.

А ПОТОМ ПОШАГОВО ДЕБАГАЕТЕ.

Можете заодно спрофилировать скрипт, может сразу видно будет, если отсортировать по времени работы.

Благодаря тому, что порт XDEBUG наружу не торчит, обеспечивается хоть какая-то секьюрность. После завершения работ отключаете это расширение, потому что тормозов оно хоть и немного, но добавляет.

Включая своего внутреннего пророка предсказываю - это программист, долгое время писавший на чем-то типа битрикс, сделал запрос вида:

foreach ($results as $item) query("SELECT * FROM table WHERE ID={$item[id]}");

В идеале сделать копию данных, запустить у себя и мучить локально. Если совсем тяжело, то ... сервер все-равно нормально не работает...

В MySQL включите лог медленных запросов и посмотрите туда, будет ли там что-нибудь или нет

есть только общая инструкция "смотреть логи". Что скрипт делает ? там по идее бесконечный цикл должен быть, и конкретно ваша 500ая ошибка от перегрузки. При том если вы пишете что грузит mysqld , значит... чую не те логи вы смотрите :) посмотрите что база делает в данный момент, к чему идут обращения. Далее смотреть какое место в коде вызывает зти запросы.

Попробуйте дебагеры, логирование а-ля "position 1", "position 2" после каждого существенного действия. Но это не на продакшен сервере естественно. Также вероятно это дыра в запросе в БД. Посмотрите, может там нет "LIMIT 1" какого-то.
Ведь очень похоже, что раз "mysql" кушает процессор и много-много памяти - значит очень тяжелый запрос, скорее всего "SELECT".
И 40 секунд скорее всего - максимальное время ответа что-ли, после веб сервер отдает 500 ошибку. Но в этом я не уверен. Может быть просто PHP падает от размера объекта.

Когдато давно нашол на просторах интернета https://www.zoiper.com/ может и вам подойдет.

Yate

У Asterisk есть realtime режим (https://asterisk-pbx.ru/wiki/artikle/mysql_realtime), когда конфиги хранятся в базе и автоматически применяются. Вы можете например после создания пользователя на портале автоматически заводить его и в астериске через скрипт, который будет просто выполнять sql запрос.
Чтобы звонить со страницы через asterisk надо webrtc(https://voxlink.ru/kb/asterisk-configuration/nastr... но штука не самая простая для внедрения.

все давно придумано до нас: Full system backup

Надо создать файл с расширением .desktop на рабочем столе (можно в $HOME/.local/share/applications тогда он будет в меню) с содержимым:

[Desktop Entry]
Type=Application
Exec=/usr/bin/...
Icon=application-x-executable
Terminal=false
Name=Name
Name[ru]=Имя
Comment=Comment
Comment[ru]=Комментарий

в Exec, Name, Comment пропишите ваши данные

cp /path/to/file /another/path/to/file