///После недельного простоя, мне звонят и приглашают на стажировку////
Значит, опытные спецы за ту зп, которую они предлагают даже не откликаются. Взяли Вас "На стажировку". Это и правда и нет, одновременно. Вы друг друга нашли, скажем так.
Выжмите максимально опыт в практике из этой хитрой конторки. Главное - не сильно себя вините, если что-то сломается, а на вас будут наезжать. Отвергайте любые обвинения в случае простоя. Далее, как поднатореете, через месяцев 12 ищите нормальную, которая понимает объёмы и ответственность IT-специалиста за простои в работе и платит в ~2 раза больше.

По теме вопроса: первое, на что обратить внимание - на критичность того ии иного сервиса. Прям подойти к боссу и спросить - "что должно работать весь рабочий день?". Телефония? БД? 1с? Без чего прям кранты? К тому сервису и направьте своё максимальное внимание. Смоделируйте на практике восстановление БД из резервной копии. Файловый сервер. Сотрудник уволился, грохнул все свои наработки/файлы, логины на торговых площадках, почтовую переписку etc. Промониторить доступы предыдущих сотрудников на администратиыный доступ к каким-либо сервисам/серверам/роутерам/площадкам.

Вы пытаетесь прыгнуть выше своей головы. Спектр обозначенных вами вопросов предполагает уверенные знания windows server и лицензирования его самого и плюс RDS + юриспруденция трудового законодательства (в части слежки за сотрудниками).
А безопасность (чтобы сотрудники что-то не унесли "домой")- это вообще отдельная и трудоёмкая тема, в которую я вам не рекомендую ввязываться, так как этот пласт работ требует постоянного контроля. Полноценное и качественное внедрение контроля за сотрудниками стоит существенных денег (от 200-300 тыр).
Так что начните с малого (оставьте контроль за сотрудниками на потом) - установите и настройте RDS и сервер лицензирования RDS. Ну и учтите что каждая клиентская лицензия обойдется около 8000 рублей (если правильно помню). То есть, если у вас 20 сотрудников 8000*20=160 000 руб. Сам win-сервер редакции STANDARD например тоже 60 000.

Связка сервисов nginx+php+*sql - имеет абревиатуру LEMP.
Связка сервисов apache+php+*sql - имеет абревиатуру LAMP.
Соотвественно, Вам нужно гуглить первое.

https://lemp.io/
https://1cloud.ru/help/linux/Kak-ustanovit-LEMP-st...
https://www.digitalocean.com/community/tutorials/l...

итд.
Установка зависит есесно от дистрибутива.

Писать путь копирования не обязательно. Просто F5, энтер.