Ну, если смотреть именно с точки зрения организации, планирования и документирования, то вероятно вам может подойти классический таск-менеджер. В простейшем случае, например тот же трелло. Если хочется больше и фич - то редмайн. Там очень много фич всяких есть как раз для планирования - добавили задачу/вопрос, написали комменты. Нашли что-то, что блокирует задачу - добавили подзадачу и поставили галочку блокировки вышестоящеё задачи. Плюс есть встроенная вики, куда легко можно заносить всю документацию по вашим проектам. Все поля настраиваются, можно запустить у себя на сервере, а некоторые хостеры предлагают даже готовые машины с предустановленным редмайном.