Максим Федоров

Git и github - разные штуки. Никто вас не заставляет пользоваться github'ом.

Если вы работаете один, можно вообще локально все делать. Если в команде, то можно использовать другие сервера, типа bitbucket или поставить свой сервер (gitlab,например) или купить платный аккаунт.

https://github.com/olamedia/nokogiri

Вам в любом случае нужна миграция, а в целом проблема не так страшна, я бы, если нет требования что имя поля должно быть таким, текущий id не удалял, возможно он вам нужен для внутренних целей? если нет. тов принципе можно написать грамотную миграцию. Раз вы пишете про синхронизацию с сервисом, то в целом текущую таблицу даже спасть не обязательно, если все ее содержимое будет синхронизироваться?
Но даже если так, просто чуть больше кода в миграции.
Если все же решитесь удалять ваш id, то нужно помнить о зависимых таблицах, где этот id используется для связей, тогда нужно грамотно с умом все и всех учесть.
Миграции удобный инструмент и для создания и для модифицирования таблиц, так позволяет откатится если нужно на одну из прошлых версий. Маст хэв в любом проекте.

Управление вычислениями более чем.
Есть свои проблемы с формулировкой вопросов к заданиям, но а так всё ок.

Слабо понимаю, что вы хотите, но как я понял вам нужны все инструменты для создания сайта.
IDE: WebStorm(PhpStorm, etc)
Программа где будете смотреть PSD макет: тут есть 2 варианта, PhotoShop или Adobe Creative Cloud. В первом вы смотрите все ручками, а в другом вы загружаете макет в сайт и тоже смотрите все ручками как в Фотошопе. Если знакомы с Фотошопом берите его.
Локальный хостинг: Open Server, Apache, MySQL. Тут выберете, то что вам нужно.
По желанию: Git(SVN, Mercurial ), FileZilla.
Вроде все. Опять же много зависит какой сайт вы хотите сделать, интернет-магазин, лендинг, etc.
U.P.D Если у вас only-верстка, то можете взять Brackets вместо WebStorm'а, или прикрутить к нему(WebStorm'у) LivePrewiew.

Можно и на хабре опубликовать с подробным описанием даже коммерческий проект, но для этого надо использовать тэг "я пиарюсь". Поищите в правилах хабра условия такой публикации. Я пару раз публиковал так свои проекты. Есть некоторые технические ограничения, про которые не написано в правилах - если после публикации вы обнаружите ошибку в тексте, то после редактирования вам не дадут его выложить, тк это будет считаться повторной публикацией. Если уберёте в черновики, то вернуть обратно сможете не раньше, чем через сутки, но дата публикации не изменится и ваша статья уйдёт в списках глубоко вниз. Так что надо перед публикацией все оооочень тщательно проверить - текст, ссылки и картинки. Подробности - в саппорте.

Лезу в класс Main и вижу что метода sayHelloWorld в нём нет. Логически понятно что он не в родителе т.к. было бы другое обращение (через parent::) но это всё равно несколько сбивает с толку, особенно если слово use не сразу заметишь

Установите нормальное IDE и не будет никаких проблем, например в том же PHPStorm кликнув на методе Вы сразу можете перейти к его реализации без лишних поисков и телодвижений

Есть ли какие-то best practice и негласные соглашения по их использованию, например писать метод $o->sayHelloWorldTrait(); тогда уже по названию метода понятно и что он делает и откуда берётся.

Ой сомневаюсь, ибо смысла в них нет. Название метода эта часть интерфейса класса, а трейт он как бы не относиться к описанию интерфейса. Трейт это инструмент позволяющий избавиться от дублирования функционала и не более того.

В какой папке хранить трейты если папки проекта разделены на model, view, controller?

А трейты у Вас к чему относятся? к бизнес-логике, логике обработки запросов или представлению? К какому слою относиться трейт в том и размещайте

Вопрос по статическим членам трейта

Зачем мешать молоко с мухами? Конфиги это - не функционал программы, соответственно смысла размещать их в трейтах вообще нет