Посмотрите на структуру Bedrock для профессиональной разработки:
Bedrock .
Ядро лежит отдельно и в гит само собой не попадает, плагины подтягиваются не через админку, а через Composer, и не требуют сохранения в гит. Что еще стоит включать в гит, зависит от проекта. Возможно папку аплоада, за исключением откровенно мусорных кешей и прочего. Базу можно дампами выкладывать в корень проекта, через тот же
wp db export. Миграции до Wordpress еще не доползли, я пока не знаю как решать этот вопрос.
