АртемЪ

На обычную флешку записать и все дела.
Токен есть смысл если очень боитесь за безопасность. Например для банка где деньги лежат.
А так большинство хранит ключи для сдачи отчетности прямо в реестре Windows.

Создание ИП для удалёнки, подводные камни?

ИП создают для ведения коммерческой деятельности - а как вы будете ее вести неважно, в палатке на рынке торговать, или удаленно код писать.

Собственно если вы ведете коммерческую деятельность вы обязаны зарегистрироваться либо как предприниматель, либо как самозанятый(где это возможно) Без этого ваша деятельность незаконна, только и всего.

Для удалённой работы на некоторые компании, мне предлогалось создать ИП

Логично.
Работать на компанию вы можете как сотрудник или физлицо - но тогда компании придется заключать с вами договор, рассчитывать и удерживать налоги. Не всегда это выгодно, поэтому вполне логично, что компания чтобы избавиться от лишних проблем предпочитает работать с ИП, ибо в этом случае все проблемы с налогами вы решаете сами.

Тут уже вы сами выбираете -
Если компания позволяет - устраивайтесь в штат, или заключайте договор ГПХ.
Если компания не хочет так работать, а клиента терять вы не хотите - тогда без вариантов придется регистрироваться. Платить налоги, взносы, нанимать бухгалтера, и.т.п.
Тут уже вы сами выбираете - либо терять клиентов, либо открывать ИП и нести соответствующие расходы

но я прочитал что если "Акт о выполненных работах" не будет не подписан нанимателем, то в последствии он может отсудить у меня переведённую сумму.

Ну в принципе такая ситуация достаточно маловероятна, но возможна, Причем это не зависит от того зарегистрированы вы как ИП или нет.
Без ИП то же самое.

И какие ещё есть подводные камни в работе как ИП?

Тут все просто, подводных камней всего два-
1)ИП это приличные расходы на содержание - налоги, бухгалтерия, взносы в фонды, отчетность. Неважно заработали вы или нет - платить придется.
2)ИП отвечает своим имуществом по договорам. Если вы заключили договор, не выполнили, и на вас подали в суд вам придется отдать деньги, а если денег нет, то приставы арестуют и продадут ваше имущество - машины, квартиры, и.т.п.

Если не хотите много тратить смотрите в сторону самозанятых - там поменьше платежи.
Если не хотите отвечать своим имуществом - открывайте ООО. Там таких проблем нет, долги ООО, только его долги, и у вас за его долги имущество не заберут. Да и в плане платежей зачастую выгодней именно ООО.

Можно однозначно определить, что пользователь является владельцем организации?

Если речь про самостоятельный запрос, то - нет.
В ЕГРЮЛ только руководитель указывается.

А так - требуйте заверенную нотариально либо ЭП копию устава, и все.

Любой.
Например бизнес по строительству домов, или по продаже спецтехники, вроде экскаваторов.

Договор это основание для оплаты. На каком основании они будут перечислять деньги другому физлицу?

Если вы физлицо- с вами могут заключить договор и платить вам деньги на основании этого договора.
Если вы работаете у ИП, то ИП может заключить договор, получать деньги и платить вам зарплату.

Да что угодно, вам решать.
Если вам нужен подписанный договор на бумаге - требуйте договор.
Если не нужен - работайте без него.

Предложите обоснование необходимости внедрения и сопровождения Linux-дистрибутивов

Да это же элементарно!
Внедренцам кушать хочется.

Что-то вообще может быть мне за это, ведь теоретически на сайт может зайти кто-угодно из Европы?

Смотря кто вы, где находитесь и где ваш бизнес.

Вот например я живу в России и мне совершенно пофиг на законы какой нибудь Франции, или Нидерладнов. Я спокойно могу положить на них болт.
А вот на законы Вьетнама я болт положить не могу, потому что там есть небольшой бизнес.

есть патент вот такой

При чем тут патент? Насколько я понял вы просто перечисляете ОКВЭД'ы.

К кому обратиться? к бухгалтеру? к юристу? к нотариусу? кто занимается консультацией по таким вопросам ?

Есть множество фирм занимающихся аутсорсингом бухуслуг. У них как правило и юрист в штате.

А в остальном - ничего особенного там не нужно.
ИП есть - значит можете вести коммерческую деятельность.
Поэтому просто получаете деньги на р/с и радуетесь.
Если розничные продажи - ну еще к ОФД подключится придется.

Я боюсь туда идти

А чего конкретно боитесь? Бить вас там не будут.
Допрашивать тоже - вас же не на допрос к следователю вызвали, где все ваши слова записываются.
Просто придете и поговорите, поясните им некоторые моменты, попросите проконсультировать.
Если у вас вообще бардак там - сначала неплохо бы обратится к хорошему бухгалтеру, который укажет на явные косяки и объяснит что можно поправить.

Как с минимум бюрократии оформить разработку сайта за долю в проекте?

Никак.
Если без бюрократии - придется поверить на слово.

Если хотите гарантий это много бюрократии и недешево это. Как минимум редактирование устава компании.

Если оплата идет через расчетный счет - касса не нужна.
Если деньги у населения принимаете - тогда нужна, можете у того же яндекса подключить, есть у них такая услуга.

Договор ИП на обслуживание компьютеров. Есть ли изъяны с т.з. исполнителя?

Договор - чисто поржать. Видно что составлял человек не представляющий что такое договор.

На самом деле все просто- сначала договорились.
Потом оформили ключевые моменты устных договоренностей на бумаге.
Внятно, ясно, без тавтологии, и четко по делу.
Лучше составлять юристу, можно и самому, но отдать на проверку юристу.
Так же не следует забывать что договор это договоренность между как минимум двумя лицами, и он должен устраивать обе стороны, иначе его просто не подпишут.
Просто подумайте какой идиот подпишет такую кашу?

У вас там по большей части тавтология и бессмыслица.
"Цена Договора составляет " - вот кому интересно сколько вы заплатили за составление договора? И зачем тащить эту информацию в договор?

Цена Договора является твердой

Да ну? А бывает мягкая?

Цена Договора включает в себя вознаграждение и компенсацию издержек Исполнителя,

Получается все издержки и вознаграждение исполнителю уплачены человеку составившему договор?

Услуги передаются Исполнителем Заказчику

Вы умеете передавать услуги? Серьезно?

Условия настоящего Договора обязательны для правопреемников Сторон

Да ну?

Данный Договор составлен в двух экземплярах, имеющих одинаковую юридическую силу

А в чем измеряется юридическая сила? Тоже в ньютонах?

Договор является абонентским договором

Это уже суд будет решать как классифицировать этот договор.

Исполнитель вправе получать оплату за надлежащим образом оказанные услуги

Да неужели?

Акт, направленный на электронную почту, считается полученным Заказчиком и срок на его рассмотрение начинает исчисляться с момента его получения в электронном виде.

Круто.

например 100-200 рублей и нет возможности на каждые 100 рублей делать договора и акты

Вот эти договора и акты нужны именно вам.
Если они вам не нужны, или нужны, но вам лень их делать - никто не заставляет.

Если периодически - ничего страшного.
Если это будет регулярная деятельность - могут оштрафовать, но это маловероятно.

а значит технически, у неё может купи книгу полицейский и при встрече надавать ата-та-та, ведь так?

Ага, десяток полицейских со служебной собакой и отрядом спецназа будут ловить на авито..
Хотя если литература запрещенная, или раритетная стоимостью по миллиону за штуку, тогда еще возможно.

Какую форму мне выбрать, физлицо или надо ИП?

Это одно и тоже.
ИП это физлицо!

За грамотную консультацию готов отблагодарить!

А вот с этим вам надо не на ITресурс а в ближайшую контору которая занимается аутсорсингом бухгалтерских услуг, там как правило и юридические услуги в сфере финансов, и грамотные консультации, и зарегистрируют ИП или фирму.
Чтобы дать грамотную консультацию нужно много информации, выяснять всю эту информацию на такого рода ресурсе крайне сложно. Да и тематика не та.