Стандартная проверка - выписка из ЕГРЮЛ/ЕГРИП не страше 3-масяцев + копия свидетельства о регистрации юрлица.
Если у организации есть сайт - пусть регистрируются с почты в их официальном домене.
UPD: В Яндекс.Справочнике используется
подтверждение прав владения организацией по телефону. Они требуют, чтобы официальный номер телефона был на сайте фирмы или в её группе в соцсетях.
На код на телефон присылается голосом (на мобильные можно по СМС).
Вопрос "уполнамачивал" ли директор конкретную персону - это уже внутренние разборки внутри фирмы и соблюдения должностных инструкций.
При регистрации на сервисе требовать указать ФИО, ОГРН/ОГРНИП и страницу сайта(группу в соцсетях) где указаны номера телефонов фирмы. ОГРН/ОГРНИП пробиваются онлайн на сайте налоговой (что фирма не ликвидирована).
И в договоре оферты изложить процедуру разрешения конфликтов при случаях регистрации под именем чужой фирмы.