Открывайте файл в бинарном режиме "wb" и пишите туда через
fwrite (лучше побайтово, чтобы не мучиться с переносимостью из-за
порядком байтов в int).
Читайте, соответственно, через fread.
Для шифрования лучше всего, во-первых, байты в разном порядке писать, (не 0,1,2,3, а, скажем, 2,0,3,1) и, во-вторых, xor-ить их с какими-то константами. А еще лучше не с константами, а со случайными данными, которые тоже записываются в файл рядом. Или не рядом, так будет закономерность меньше видна.
Но все это может спасти только от людей незнакомых с reverse engineering'ом и отладкой. Более менее осведомленный ползователь посмотрит в ассемблерный код и поймет, что и как там читается и где и что надо поменять. Но да, это посложнее просто редактирования txt файла.
Ну и, artmoney с cheat engine никто не отменял.