Вам же не нужно пережимать видео, достаточно тупо копировать куски?
Попробуйте здесь
subprocess.run(['ffmpeg', '-i', video_path, '-preset', 'ultrafast', '-ss', str(start), '-to', str(end),'-threads', '4', output_path + '/' + file_name])
заменить
'-preset', 'ultrafast'
на
'-c', 'copy'