1.
Пишем обработку на языке 1с которая будучи запущена сохраняет список пользователей в файл в нужном вам формате(или выполняет иные действия, например удаляет или добавляет польователей, меняет пароли), и после этого завершает работу 1с.
2.
Запускаем обработку из командной строки или батника, скрипта на любом удобном языке администрирования системы.
Ну например что нибудь в стиле
FOR /F "TOKENS=1*" %%i IN (bases.txt) DO %EnginePath% ENTERPRISE /F %BasePath%\%%i" /DisableStartupMessages /Execute "D:\usersave.epf"
Где bases.txt - список названий папок с базой.
BasePath - путь к папкам с базами.
EnginePath - путь к платформе.
D:\usersave.epf - ваша обработка.
В итоге поочередно батник поочередно открывает базы указанные в bases.txt в режиме предприятия, вызывается ваша обработка, она отрабатывает нужное действие, и закрывает программу, после чего батник вызывает следующую.
Рекомендую ознакомиться -
https://its.1c.ru/db/v838doc/bookmark/adm/TI000000493
или
https://infostart.ru/public/104654/
Можно работать через COM но несколько посложнее, хотя во многом удобнее.
Выберите нужный язык и ищите в гугле примеры работы с COM для данного языка. Например для пайтона
https://paladinum.ru/?p=245420
В любом случае - для манипулирования данными внутри 1с (например получение, удаление пользователей) возможно только из языка 1с. Поэтому базовые знания этого языка нужны обязательно.
Т.е взаимодействовать можете любым удобным вам способом - а внутри 1с, только язык 1с.