Константин

SMART overall-health self-assessment test result: FAILED!
Drive failure expected in less than 24 hours. SAVE ALL DATA.

Труп. Не надо это исправлять.

Как сделать так, чтобы брэндмауэр не реагировал на запуск приложения?

Ничего делать не надо, он в любом случае не реагирует на запуск приложения. Брандмауэр никак не работает с программами и приложениями, и никак на них не реагирует! Брандмауэр работает только с сетью.

При запуске выскакивает окно от брэндмауэра, предлагающее разрешить доступ.

Задача брандмауэра - контролировать доступ в сети. Кто-то пытается отправить сетевой запрос - и брандмауэр спрашивает у вас нужно ли разрешать этот трафик или нет.
Вы можете ответить.
Так же вы можете написать правило для брандмауэра - как именно следует поступать с данным трафиком.
Ну или отключить брандмауэр.

Очень много почтовиков могут не принять вашу почту, или положить её в спам, если у вашего отправлящего хоста непроходит чек соответствия хостнейма и птр - например ip 1.1.1.1 ptr mail1.example.com, а mail1.example.com должен резолвится в 1.1.1.1
Если у вас есть пул внешних/белых ип адресов то вы можете каждому поставить свою птр и хостнейм, и добавить их в SPF.

является ли это руткитом или ложная тревога?

Скачайте сами пакеты установленных версий, которые подозрительные файлы поставляют, и сравните хеши.

Насчёт вход через SSH на рут аккаунт

Файл конфига находится обычно по адресу /etc/ssh/sshd_config, параметр PermitRootLogin должен быть не закомментирован и иметь значение no. Перед изменением стоит помнить, что надо заранее обеспечить доступ по SSH с другой учётки, если нет прямого терминала.

1. Передавать всегда следует временный пароль с автоматическим требованием сменить пароль при первом входе.

2. Передавать пароль можно через доверенное лицо.
Это может быть непосредственный руководитель сотрудника, либо отдельно выделенный "security sponsor" - выделить несколько человек, чтобы в каждой локации было 1-2 security sponsor-а, которые могли бы лично встретиться с сотрудником для передачи пароля.

3. Можно технически - регистрировать телефон сотрудника, его внешнюю почту. Но это только для основного пароля (входа в домен/почту). Для повышения безопасности можно поделить пароль на две части, половину слать на почту/телефон, половину через руководителя/HR.

4. Если это пароль от второстепенных систем, то можно отправлять временный пароль на корпоративную почту.

Для фото - JPEG.
Для схематических изображений (иконки, схемы, чертежи, графические примитивы) - PNG или SVG. Для сложных схематических изображений PNG может быть выгоднее.
Также замечу, что внедрение растрового изображения в SVG - возможно, но бессмысленно.

Просто берёшь англоязычную книгу и читаешь с Google Translate. Книг через десять Google Translate сам отвалится.

Самая частая причина снижения когнитивных способностей одновременно самая банальная - недосыпание.