Проблема плавающая, то возникала, то затихала довольно долгий срок, больше года, но экспериментально всё же прояснилось, что она связана с некой плохой совместимостью почтовых клиентов на аймаке и айфоне с огромным (с меньшими ящиками, до 20 Гб, подобных проблем не возникало) почтовым ящиком на нашей почтовой системе (iRedMail), в итоге MacOS на маке был обновлён до последней версии 15.3 и его встроенный почтовый клиент стал работать адекватнее, а наиболее проблемный в нашем случае почтовый клиент айфона (софтина Почта, но тот же аутлук работал еще хуже) после обновления ОС так и не заработал корректно, но коллегами была найдена бодро работающая альтернатива для айфона, которая достойно вывозила синхронизацию всех этих сотен папок и подпапок, а также тысяч писем и имя ей Edison Mail.