1. Да, но в договоре оговорите, что электронная почта, как способ предоставления материалов, признается обеими сторонами.
2. Заказчик должен немедленно отправить ответное письмо с текстом «получил результаты». Если письма долго нет — отправляйте снова, вызванивайте заказчика. В суде ответное письмо будет доказательством. Но лучше использовать общественную почту вроде майл.ру или гугла, чтоб письма хранились именно на их серверах.
3. Гугли договор Тёмы Лебедева на сайты, там есть пункты об электронной почте.
4. Как делает Яндекс: распечатывается Акт, ставится печать и подпись, сканируется, отправляется по мылу. Следом отправляется оригинал. Также, российское законодательство допускает передачу документов через факс и они являются юридически значимыми.
5. Работаем, все отлично. Но отношения с заказчиками нужно строить прежде всего на честности и доверии, иначе лучше с ними не работать. Возьмите за правило, что договор — это документ для суда, а до суда доводить не нужно.