Каким образом платят налоги сайты, принимающие платежи через агрегатора?
Сайты налоги не платят!
Налог платят либо физлицо( человек), либо юрлицо (организованная и зарегистрированная группа людей).
Больше никто.
Инструменты вроде сайтов, холодильников, лопат, и серверов налоги не платят!
Налогоплательщики как правило платят налоги в стране проживания. Так же они платят налоги в той стране, где ведут коммерческую деятельность.
Чтобы точно сказать кому и где надо смотреть законодательство конкретных стран, гражданство, место проживания и место ведения деятельности конкретного налогоплательщика. Там много нюансов.