Включение Python в программу на C делается буквально в три строки. Но выполняться во встроенном питоне скрипт будет с той же скоростью, что и через "обычный" питон :-) Если вы хотите переписать наиболее критичные части с Питона на C и сделать их доступными из встроенного в приложение питона - да, это вариант. Но все равно надо пробовать, смотреть на быстродействие.