Нужно использовать нормальное ПО, специально предназначенное для резервного копирования. Копии не должны быть доступны средствами ОС, поэтому USB-HDD отпадает сразу, сетевые шары - тоже. Копии не должны перезатираться, иначе бэкап поврежденных данных убьет целые копии. Для начала так.