"ph js можно делать все что угодно на странице" - это не так, там довольно старый Webkit у него есть проблемы с тем, чтобы делать все что угодно. Ну и у самого Webkit есть ограничения. Какой именно сценарий у вас предполагается?
Ваше решение сходу плохо только тем, что второй поток данные "выводит на график". Дергать гуй из побочного потока - плохая идея, будут странные и плохоуловимые баги с большими шансами. А так все ок, на мой взгляд.