Небольшой файл можно переписывать целиком.
С большим файлом все сложнее - если длина строки не меняется, то можно переписывать отдельные участки при помощи fopen, fseek, fputs.
Если новая строка короче- можете добавить пробелов в конец строки.
Если увеличивается - придется переписать всё, что идет после измененной строки.
Можете попробовать вызывать
sed, вполне возможно что он будет очень быстр.
Но если планируется и дальнейший рост этого файла, то самым правильным решением будет переход на базу даных.