Не поможет, если снижение производительности не вызвано фрагментацией. В общем маловероятно что будет заметный эффект. Хотя дерфрагментацию все же надо делать время от времени.
есть подозрение, что рейд контроллер самостоятельно делает _свою_ дефрагментацию.
Это как?? Дефрагментация это устранение фрагментации файлов на ФС. Контроллер откуда может знать что такое файл???
Если все таки запустить виндовую дефрагментацию, не ляжет весь рейд?
Конечно ляжет. Он у вас и так нехило нагружен судя по всему, а дефрагментация это нехилая нагрузка, поэтому конечно же ляжет на время дефрагментации.
Имеется RAID 1 из 4 дисков.
Четыре диска в зеркале?
По поводу падения скорости я бы посмотрел SMART дисков.