Как правильно заметил Stalker_RED, свойство filelist только для чтения и манипулировать списком нельзя. Lavrov95, но можно сделать все например как то так, пользователь выбирает картинки и вы их сразу грузите на сервер в фоне возвращая миниатюры и очищая список файлов. Соответственно при удалении удаляете уже на сервере данные, но тут надо привязываться к сессии и решать прочие вопросы что бы при закрытии вкладки без нажатия кнопки "сохранить" картинки удалялись на сервере. Ну или еще какой-то костыль изобрести.
Алексей, можно прочесть filelist, сгенерировать превьюшки прямо на клиенте
если юзер частично удаляет - скопировать выживших в FormData, а сам инпут очистить.
Lavrov95, не совсем ясна задача, откуда взялись те что есть? и почему нельзя отдельно загрузить то, что надо? я так понял еще и на JS это надо? то вот тогда почитай вот это хабр