rPman

c# в данном случае не самый лучший выбор (правильно использовать c++ или c или лучше готовый фреймворк и язык - autoit но он в стагнации уже давно), в .net нет необходимого api и все придется импортировать из win32
вот обсуждают простейший пример симуляции движения мышкой, там же смотри как импортировать библиотеку

чтобы получить базовую информацию о графической структуре окон требуемых приложений (а все они так или иначе будут использовать хотя бы одно win32 окно), используй штатную утилиту, идущую в поставке с visual studio - microsoft spy++ (даже если нет ярлыков, утилита spyxx.exe лежит в каталоге visual studio... tools)

это значит повреждены файлы необходимые для загрузки, какие - в логах
выполни из под администратора
chkdsk c: /f
это команда проверки диска на ошибки, для системного диска оно скажет что нужно перезагурзиться, того же эфекта можно достичь в меню загрузки - восстановление системы

позже так же из под администратора
sfc /scannow
это проверить файлы системы и если будут поврежденные - заменит (потребует установочный диск но ему можно подсунуть его в виде iso в эмуляторе)

Настоятельно рекомендую не пользоваться аппаратным raid контроллером, тем более дешевым, встроенным в материнку и не приносящим никаких профитов, кроме головной боли.

Сбережешь себе нервы и данные, особенно позже, иначе когда материнка сломается ты будешь платить огромные деньги чтобы найти такую же, иначе рейд не заведется.

Поэтому - поднимай свой рейд софтварно из операционной системы, тем более это поддерживается во всех ОС, даже домашних ревизиях win

p.s. раз речь идет еще о БИОС-е, никакие драйвера тут не применимы
не уверен что задачу в твоей формулировке можно будет решить простым способом

Это 100% не гибернация, так как с точки зрения железа - это обычное выключение машины (при гибернации содержимое оперативной памяти записывается полностью в своп файл, делается пометка загрузчику и машина просто выключается, а при следующей загрузки содержимое памяти возвращается назад и драйверам делается сигнал на рестарт железа, из-за чего не всегда это срабатывает, например игры при наличии проблем с драйверами gpu могут упасть).

Windows тут не виновато.

Очевидно что проблема железная, если linux тоже не может записать на диск что-либо, именно так умирают флешки, контроллер переводит диск в read only режим и игнорирует любые записи.

ssd + sata переходник на usb3
это будет на порядок быстрее чем флешка, плюс у windows есть ряд ограничений по запуску с usb флешки, например нельзя разместить своп файл на него (на sata контроллер это может не распространяться но нужно смотреть, сможет ли bios нормально с него грузиться)

в подавляющем большинстве случаев установщик windows не видит либо флешки либо диска

usb не видит, потому что флешка вставлена в usb3 порт а драйверов на контроллер в установщик не встроено, решается использованием usb2 портов (если есть), в биос вроде кстати даже должна быть опция, отключить поддержку usb3

если не видит диска, то почти всегда спасает переключение контроллера диска в режим ide (отключаются фичи типа ssd trim и медленнее работает), позже, после установки драйверов, настройку в биос можно вернуть

ну и правильное решение - искать драйвера и интегрировать их в установочный диск, например с помощью ntlite (там же и обновления можно интегрировать и много что включить выключить)

p.s. еще более правильное (оно поддерживается производителем) обновиться с предыдущей версии ОС
там кстати совет хороший - обновить биос

Воспользуйся символическими ссылками

Удобно это делать из Far Commander (Alt+F6 установив целевой каталог с одной стороны и выбрав исходный каталог с другой), предварительно переместив каталог с тяжелым контентом на другой диск

Делать это нужно в тот момент, когда программа, использующая эти файлы, не запущена (даже маленькая утилита, висящая в трее может заблокировать один файл в каталоге). Так же перемещать имеет смысл тяжелый контент, который редко используется, ведь иначе смысл ssd теряется.

Программы будут считать символическую ссылку как обычный каталог, единственное, свободное место будут считать по диску (т.е. если создать символический каталог c:\games на другой диск большого объема, программы установки при выборе этого каталога будут продолжать проверять свободное место по диску c:)

p.s. к сожалению, некоторые программы имеют странный алгоритм обновления, например игры из steam можгут снести каталог а затем заново его скопировать, предварительно развернув новые файлы во временный каталог, из-за чего процесс обновления может потребовать в два раза больше места на диске

p.p.s. после некоторого количества времени на самоистязания придешь к выводу что проще приобрести ssd диск бОльшего размера, даже если это будет самый плохой по характеристикам (только чтобы не сдох через месяц) и уставить его дополнительным диском