Виктор

Как поступить юридически грамотно, чтобы не подставляться самому?

Ну, самый безопасный путь - уволиться :) Я вовсе нифига не шучу. Каких-то гарантированных лайфхаков, которые позволили бы спокойно работать с тем, что есть - нет. Никакие служебки, докладные, заявления и вообще ничего в адрес руководства не поможет. Наоборот, может будет еще хуже - могут припаять "в составе группы" :) А в "крупном размере" нагребается элементарно, и даже в "особо крупном" не больно сложно.
Есть путь порисковее - если непременно хочется здесь работать. Нужно сесть, поломать голову, посчитать хотя бы примерно стоимость лицензирования и потребовать от руководства нужный бюджет. Тут конечно все зависит скорее от талантов переговорщика - насколько успешным будет акция по убеждению/устрашению руководства :)
Если вдруг в это время приходят - уже можно сказать "мы осознали, мы уже исправляемся :) "
Есть путь еще более рисковый - просто забить. "Мы слишком маленькие/слишком большие", "мы нахрен никому не сдались/да не посмеют" и все такое. Когда придут - будет поздно. Отвечать придется за все косяки всех поколений админов :)

1) Большинство (если не все) лицензионных соглашений запрещают не только установку, но и использование контрафактного программного обеспечения. Т.е. использовать ПО, узнав о его пиратском происхождении, уже нельзя. Таким образом ссылаться на то, что ПО было установлено другим специалистом, практически бесполезно.
2) Маленькие компании считают, что они никому из проверяющих не нужны, большие - что у них "всё схвачено и все подмазаны". Чушь. Знаю о небольшом предприятии (порядка 200 сотрудников) пищевой промышленности в маленьком городе (50-70 тысяч населения), которое тряхнули за пиратский софт. Почему их, не знаю; рядом десятки таких же предприятий с тем же уровнем лицензионного порядка. На крупном предприятии в случае проблем как раз виновный будет один сисадмин, так как у руководства "всё на мази", а сисадмин - паршивая овца на абсолютно законном предприятии.
3) Любое письменное обращение к руководству с требованием/прошением/предупреждением о нелегальном программном обеспечении подтвердит информированность специалиста о наличии пиратского ПО и его понимание незаконности действий.

IMHO, если увольняться не вариант, то как минимум не устанавливать ничего лично; информацию донести до руководства, но в недокументированной форме, чтобы потом ещё больше не встрять.
Маловероятно, но гипотетически, если в должностной инструкции указано, что специалист устанавливает программное обеспечение, предоставляемое работодателем, работодатель становится заинтересованным лицом.

Windows переназначит буквы так, чтобы они не совпадали.

НИКАКУЮ

Какая, блджад, сборка в 2019?! Они со времен Семёрки уже неактуальны, а нужны были на XP, потому что из коробки там не было ничего.

Не занимайтесь ерундой, ставьте стоковую Винду, в сборках вам понапихают троянов за обе щёки. Не доверяйте школьникам-сборщикам, которые такое наворотят с системой, что просто диву даёшься.