Бывало.
Самое главное - четко следовать правилам сайта.
Для fixed-price - работать только через escrow, никаких платежей по факту.
Никакой работы пока деньги не лежат в escrow, а если поработали - то ничего не отправлять заказчику пока денег там нет. Не знаю, как сейчас на Upwork, работаю только по часам сейчас, на Elance было так - и насколько мне известно, работу с Escrow они скопировали.
Так что если заказчик внезапно пропадет - деньги вы получите.
Второе не менее важное - психология. Не работайте с мутными заказчиками.
Если заказчик не хочет платить он найдет способ. Chargeback сделает, диспут откроет, в отзывы нагадит.
Чаще всего проще забить на неполученные деньги или даже вернуть полученное, чем получить минус в репутацию.