Я считаю что можно, явно в законе это не запрещено.
Условия применения патента:

1. Вид деятельности подпадает под патент.
2. Данная система установлена метсныыми законодательными актами и применяется вашем регионе
3. Вы осуществляете указанную деятельность на территории вашего региона.
4. Среднесписочная численность наемных работников, занятых в деятельности, облагаемой УСН на основе патента не должна превышать 5 человек, включая самого индивидуального предпринимателя.

Вот человек задавал тот же вопрос
forum.klerk.ru/showthread.php?t=568520
и ему ответили следующее:

А в сети вообще много ерунды пишут. Если у Вас нестационарная деятельность типа торговли (привязка к конкретному объекту), то и патент Вы покупаете по месту своего жительства. А работать можете хоть в Антарктиде. Никто все равно не узнает, где же вы действительно работаете. И налоговая не ведет разыскных мероприятий по поиску ИП, разъехавшихся по всей планете, ей это без надобности.

Update от 03.06.2016
Получил официальный ответ из налоговой. Можно.

Бывало.
Самое главное - четко следовать правилам сайта.
Для fixed-price - работать только через escrow, никаких платежей по факту.
Никакой работы пока деньги не лежат в escrow, а если поработали - то ничего не отправлять заказчику пока денег там нет. Не знаю, как сейчас на Upwork, работаю только по часам сейчас, на Elance было так - и насколько мне известно, работу с Escrow они скопировали.
Так что если заказчик внезапно пропадет - деньги вы получите.
Второе не менее важное - психология. Не работайте с мутными заказчиками.
Если заказчик не хочет платить он найдет способ. Chargeback сделает, диспут откроет, в отзывы нагадит.
Чаще всего проще забить на неполученные деньги или даже вернуть полученное, чем получить минус в репутацию.