Когда обсуждают базу данных - то ее физический размер обычно не имеет значения. Она может быть и терабайт и пета-байт. Но важно подумать о том какие виды запросов вы будете там гонять. И какие индексы надо построить чтобы быстро искать нужный JSON.
Хорошая коробочная поддержка JSON с индексами и бинарным представлением документа есть в Postgresql.
Про MySQL я не в курсе. Но вот посмотрите эту статью
https://habr.com/ru/companies/skillfactory/article...
Может быть появятся мысли.
Ваш вопрос требует создания POC + Benchmark. Безотносительно того что вам тут напишут в ответах - ваша
задача создать прототип и загрузить туда 100К синтетических записей и понаблюдать как быстро MySQL будет
делать поиск нужных значений.