Не будет проблем с совместимостью. Данные будут передаваться со скоростью меньшей версии интерфейса.
Учти, кроме разьемов есть еще кабель, например если соединить эти разьемы кабелем USB 2.0 то все будет работать в режиме 2.0
Еще один нюанс:
Главное, что здесь стоит уяснить:
3.0 переименован в 3.1 Gen 1, затем в 3.2 Gen 1;
3.1 переименован в 3.1 Gen 2, затем в 3.2 Gen 2.
Таким образом, порты пережили целых две смены версий. То есть если на вашей материнской плате есть порт 3.0, то в современной терминологии это 3.2 Gen 1
т.е. вполне возможно что твои 3.0 и 3.2 это одно и то же