Списки по-умолчанию превращаются в yaml «с черточками», а словари - без чёрточек.
Что касается # - в стандарте синтаксиса yaml это означает комментарии. По
ссылке вычитал, что в pyyaml комменты запихать трудно, и проще использовать другую библиотеку -
ruamel.yaml
Что касается пробелов после двоеточия - боюсь, кроме как постобработкой от них не избавиться.