Есть ссылка по которому открывается ваш портал, а есть адрес сайта, который битрикс считает как основной.
Какой алгоритм действий в данной ситуации?
1) В настройках сайтов проверьте что указано в адресе для каждого сайта
Обязательно следуйте комментариям (где-то адрес должен быть без http).
Поможет статья в документации:
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_I...
2) Проверьте настройки модулей, они должны вести на сайт, который у вас открывается в корневой директории (сайт по-умолчанию).
Сходу могу сказать что нужно смотреть: главный модуль, генератор документов, трансформер, чат-боты, открытые линии, push.
Начать стоит с документации:
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_I...
3) Вам нужно проверить каждый почтовый шаблон на предмет "зашитых в коде" ссылок.
В общей массе должны использоваться технические значения вида #SITE_NAME#, #SITE_URL# и т.п. и явно на fweb не должно быть ссылок.
Ознакомиться можно в документации:
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_I...
4) Если сайт находится внутри вашей корп. сети, то необходимо проверить, чтобы между клиентом и сервером Битрикс24 была корректная адресация.
Перенаправления и WAF'ы не должны менять request uri параметр
5) Для уже существующих нотификаций на портале можно изменить ссылки.
Те что ушли на почту так и останутся, но в панеле нотификаций их можно поменять через SQL запрос к таблице b_im_message.
Первые 3 пункта можно выполнить без специальной подготовки обычному администратору портала, для 4 потребуется системный администратор, а для 5 человек знающий SQL.