В вашем коде сразу несколько ошибок.

Во-первых, вы предполагаете что поведение браузера эквивалентно коду на странице. Т.е. одно и то же действие в браузере и в коде дают одинаковый результат, но это не так. Браузер отрисовывает страницу по частям и нет никаких гарантий что в момент выполнения вашего кода (фрагмент document.querySelector('.crm-kanban-item-repeated')) на странице существует хотя бы один элемент с подобным селектором. Более того скажу сразу - этот элемент не существует, так как он добавляется позже через javascript.
Вам нужно почитать больше про js и про то как браузер рисует страницу - без этого вы далеко не уйдете.

Во-вторых, вы полагаете что у вас всего 1 элемент (querySelector - вернет первый(!) элемент подходящий под условия), а у вас их может быть много. Т.е. нужно использовать как минимум querySelectorAll. Вы так же полагаете что наличие ноды автоматически делает элемент "повторным", что совершенно не так. Ноду можно вывести у любого элемента, но повторным он от этого не станет.

В-третьих, даже если вы окрасите элементы, то после перезагрузки данных (не страницы), например при применении фильтра, ваш код не выполнится еще раз и не будет иметь силы.

Предположим наша задача - покрасить элементы в красный если они повторные.

Для начала определимся как мы будем красить: я полагаю что проще всего будет создать какой-нибудь css-класс, который будет отрабатывать, если карточка подходит под указанные условия.
Я буду использовать кастомный класс flah_repeated и для этого я создам css правило:

.crm-kanban-item.flah_repeated {
	background-color: red !important;
}

Затем я поищу событие, которое отрабатывает при отрисовке карточки канбана. Используя события я могу сразу гарантировать следующие вещи:
1. Скрипт будет отрабатывать только там где есть канбан. То есть мы не будем искать элементы на других страницах чтобы не повредить их в случае ошибки.
2. Скрипт будет отрабатывать только когда канбан уже отрисован. То есть все элементы уже есть на странице и мы можем не боятся их отсутствия
3. Скрипт будет отрабатывать при повторной отрисовке. Т.е. примнение фильтра так же вызовет событие и мы еще раз сможет сделать то что нужно.

Затем, когда я найду событие, скорее всего оно может быть использовано и в других сущностях, где выполнять подобное мне не нужно, поэтому мне нужно подумать как ограничить действие только нужными элементами

BX.addCustomEvent("Kanban.Grid:onRender", function(kanbanGrid){

	if ( kanbanGrid.getData().entityType != 'LEAD' )
	{
		return;
	}

	let kanbanItems = kanbanGrid.getItems();

	for (let key in kanbanItems)
	{
		if ( key < 1 ) continue;

		let kanbanItem = kanbanItems[key];

		if ( kanbanItem.getDataKey('return') )
		{
			BX.addClass(kanbanItem.container, "flah_repeated");
		}
	}
});

Ну и когда все будет готово, я сделаю расширение (extension) и подключу его на событии пролога, чтобы добавлять к каждой странице.

Таким образом я не изменю публичную часть и добьюсь того что требовалось в изначальной задаче.

boris tyrepharm, к сожалению вы не можете посмотреть "будущие" письма, так как такая генерация очень сложна.
Но вы можете посмотреть существующее письмо в новом дизайне. К тому же - вы можете увидеть только как будет выглядеть ваше письмо, если его вывести в браузере, но это не одно и то же, как если оно пройдет через MTA и будет отображаться в Outlook/Thundebird/OWA и т.п.

Например я хочу посмотреть как приблизительно(*) будет выглядеть сообщение с ID 336020 (в таблице b_event), после изменения дизайна в существующем шаблоне.

use Bitrix\Main\Mail;

/**
 * Get from b_event table
 * @var integer Existed event id
 */
$displayedEventId = 336020;

/**
 * List of site ids, for event theme generation
 * must be replaced by current site id in public
 * @var array
 */
$arSites = [
	's1'
];

try
{
	/**
	 * First, try to find event
	 */
	$arEvent = Mail\Internal\EventTable::getRow([
		'filter' => [
			'=ID' => $displayedEventId,
		]
	]);

	if ( !$arEvent )
	{
		throw new \Exception('Event not found');
	}

	$arEvent['FIELDS'] = $arEvent['C_FIELDS'];

	/**
	 * Try to find all message templates for 
	 * sites. In event handler we send for one letter
	 * per site.
	 */
	$arEventMessageFilter = [
		'=ACTIVE' => 'Y',
		'=EVENT_NAME' => $arEvent["EVENT_NAME"],
		'=EVENT_MESSAGE_SITE.SITE_ID' => $arSites,
	];

	$messageDb = Mail\Internal\EventMessageTable::getList([
		'select' => ['ID'],
		'filter' => $arEventMessageFilter,
		'group' => ['ID']
	]);

	foreach ($messageDb as $arMessage)
	{
		$eventMessage = Mail\Internal\EventMessageTable::getRowById($arMessage['ID']);

		$eventMessage['FILES'] = array();
		$attachmentDb = Mail\Internal\EventMessageAttachmentTable::getList(array(
			'select' => array('FILE_ID'),
			'filter' => array('=EVENT_MESSAGE_ID' => $arMessage['ID']),
		));
		while($arAttachmentDb = $attachmentDb->fetch())
		{
			$eventMessage['FILE'][] = $arAttachmentDb['FILE_ID'];
		}

		$arFields = $arEvent['FIELDS'];

		// get message object for send mail
		$arMessageParams = array(
			'EVENT' => $arEvent,
			'FIELDS' => $arFields,
			'MESSAGE' => $eventMessage,
			'SITE' => $arSites,
			'CHARSET' => $charset,
		);
		$message = Mail\EventMessageCompiler::createInstance($arMessageParams);
		$message->compile();
		echo $message->getMailBody();
	}
}
catch( \Exception $e )
{
	var_dump($e);
}