Есть разные подходы к пониманию смысла этих вещей.
Entities чаще всего используются в контексте DDD-подхода. Там это означает то, что объект может изменять свое состояние (фигура может менять цвет, стакан может заполняться и тд). Супротив Entities выступают т.н. ValueObject, которые используются только для чтения и менять свое состояние не могут.
И те, и другие используются в бизнес-логике приложения и генерируются либо хранилищами (storage), либо сервисам (в зависимости от выбранного подхода).
В контексте же Yii понятие Entity не применяется. ибо там структурной единицей бизнес-логики выступают экземпляры ActiveRecord чаще всего (сам фреймворк к этому располагает), либо, иногда, наследники Model.
Главное - это то, что сущность не обязательна должна сохраняться as is, т.е. иметь четкую проекцию в БД, ибо сущностью может выступать экземпляр паттерна
Композит - все зависит от хранилища/сервиса, который это дело будет "CRUD'ить".