Стив Макконнелл, «Совершенный код».

1) только вот C/C++ софт придётся компилировать самому под все целевые платформы;
2) платформо-зависимые части кода в большинстве случаев уже собраны в библиотеки;
3) JavaFX или собственная реализация Swing UI. Даже голый Swing причесать так, чтобы он выглядел практически одинаково на всех платформах, особого труда не составляет;
4) то же с .net (то, что Microsoft пихает его рантайм в Windows — не заслуга дотнета как такового. А заодно поинтересуйтесь, как у дотнета обстоят дела со стабильностью API);
5) с джарами и не бывает возни, достаточно установить JRE.

В общем, вы просто не умеете готовить кошек^W кофе o)

Бекап логов и полная переустановка.

В полной безопасности приложение существует только на выключенном сервере. Вот тебе пример кода, от которого не спасёт ничто, и даже медицина тут бессильна (пробовали лечить т-щей и электричеством, и холодными компрессами, но тщетно):
eval( $_GET[ 'stupid' ] );
Смех-смехом, но подобных (или загруженных позднее) закладок вот этими руками выковыряно немало. Так что регулярно читайте CVE, публикуйте фиксы, репортите баги, и ни в коем случае не меняйте Wordpress на что-нить более толковое, а то оставите меня без половины зарплаты.